En la actualidad, el Club Deportivo Guadalajara cuenta con tres peñas: La Zorra Alkarreña, el Deportivo Caracol y Furia Morada 1947.
La Zorra Alkarreña
A finales del siglo XX, un pequeño grupo de aficionados empezó a juntarse en la grada lateral izquierda junto a la tribuna. Este grupo fue poco a poco creciendo y fue en 1999 cuando el ya grupo de amigos decidió organizarse y fundar la Zorra Alkarreña. Era habitual que cada año la Zorra realizara viajes para apoyar al equipo morado por los campos de Castilla La Mancha llegando a alcanzar los 100 socios. Después del ascenso a 2ªB en 2007, se dobló el numero de socios y con el ascenso a la entonces Liga Adelante la peña llegó a alcanzar los 350 socios. Entre sus viajes más memorables se encuentran Riazor, El Sardinero, El Madrigal o el Molinón.
Tras las penurias ocurridas en el club tras el descenso administrativo la peña también se resintió, pero nunca dejó de apoyar al Deportivo incluso en los momentos más complicados. En la actualidad vuelven a contar con unos 250 socios y las dulzainas vuelven a resonar más fuerte que nunca en los bares de Guadalajara, la grada Pablo Ramos y en la Fuente de la Niña apoyando también al Deportivo Guadalajara Femenino.
Furia Morada 1947
La Furia Morada es la peña de más reciente creación ya que comenzó su actividad en verano de 2021 y ha crecido muy rápidamente en tan solo una temporada llegando a ser 150 peñistas en la temporada 2022/23.
Desde el fondo sur del Pedro Escartín, nunca dejan de oírse sus innovadores cánticos a ritmo de bombo que insuflan de ánimos a los jugadores del Dépor. Además, en la temporada de su debut llegaron a realizar numerosos desplazamientos a lo largo y ancho de Castilla La Mancha dando un gran y numeroso apoyo en partidos tan importantes como en Villarrubia, San Clemente o Cuenca. La Furia Morada también destaca por apoyar al Deportivo Guadalajara Femenino llegando incluso a realizar un desplazamiento de unas 20 personas en minibús a Cedillo del Condado. Con el salto a la 2ªRFEF, también han realizado viajes de más de 15 personas desde Guadalajara hasta El Paso en la isla de La Palma, así como desplazamientos individuales a Cáceres.
También se trata de una peña muy familiar donde tienen cabida desde los más pequeños a los más mayores y también suelen realizar varias comidas de grupo a lo largo de la temporada donde se estrechan los lazos de amistad entre sus peñistas.
Deportivo Caracol
La peña Deportivo Caracol tiene su origen en la histórica Peña El Caracol donde algunos integrantes aficionados del Dépor, aparte de juntarse en las fiestas de septiembre, decidieron también juntarse cada 15 días en el Pedro Escartín para apoyar al Deportivo Guadalajara.
A pesar de ser la peña más pequeña, cuenta con más de 40 peñistas y es una de las más históricas, ya que comenzó su andadura en el año 2002 y desde entonces nunca han dejado de bajar a ver al Dépor. Se trata de una peña muy familiar y tienen como costumbre hacer la previa en los bares de Guadalajara antes de los partidos. Es habitual verlos apoyando a los equipos de cantera donde juegan algunos de sus más jóvenes integrantes.
También han realizado viajes a lo largo de la península apoyando al equipo llegando hasta realizar 11 en una misma temporada. Algunos de los más emblemáticos fueron sus viajes a La Coruña, Córdoba, Huelva o Gijón. En la actualidad se sitúan en el costado izquierdo de la grada Pablo Ramos.